Естественно, 3дмакс будет всего лишь местом для создания моделей - не более. А где уже писать само ядро - выбирать вам. С флэшем я вообще не знаком, по этому его преимущества/недостатки вовсе не знаю. но могу сказать, что такую вот ерундовину можно было бы состряпать и на игровом движке. Вполне хорошо бы вышло.